アプリの通信は暗号化されていますか？

はい。アプリが外部と通信する場合（アップデートチェックなど）は、すべてHTTPS通信で暗号化されています。ただし、署名処理自体は端末内で完結するため、署名データやPDF内容が外部に送信されることはありません。